In 1598 trouwde hij in 's-Hertogenbosch met Mayke van Voorn, de dochter van de Bossche stadsbestuurder Robert van Voorn. Jan van der Weeghen was ingenieur van beroep. In 's-Hertogenbosch was hij lid van de Illustre Lieve Vrouwebroederschap. Hij stierf in maart 1642.

Het was een roerige tijd waarin Van der Weeghen in 's-Hertogenbosch woonde: de Opstand in de Tachtigjarige Oorlog, was in alle kracht uitgebroken. Toch werd er in deze strijd een bestand gesloten; in 1609, een bestand dat twaalf jaar zou duren.

Na het sluiten van dit Twaalfjarig Bestand is Jan van der Weeghen op verschillende manieren actief geweest, om de vesting 's-Hertogenbosch te verstevigen en te verbeteren in verband met de te verwachten gevechten.

In 1610 deed hij opmetingen en vervaardigde hij tekeningen van de stadmuren. Deze zouden naar de landsregering in Brussel worden opgezonden en dienden om subsidie te verkrijgen ten behoeve van de te maken kosten.

Van de Weeghen ontwierp ook een kanaal langs het fort Crevecoeur (dat in handen was van de Staatsen), om zodoende toch van de rivier de Dieze in de Maas te komen om ongehinderd handel te kunnen drijven.

Op 10 september 1610 kreeg hij van de stad een bedrag van 60 gulden voor deze tekeningen. Dit tekenen had wel resultaat: vanaf 1614 werd er met een flinke steun van Brussel gewerkt aan de verbeteringen van de vestingwerken.

Van der Weeghen maakte zelf ook reizen naar Brussel om er te onderhandelen. Toen er bleek, dat de landsregering in Brussel verkeerde plannen maakte om de Vughterpoort te verbeteren (er zouden veel huizen gesloopt moeten worden), werd hij naar het zuiden gestuurd om er te bemiddelen. Met succes blijkbaar, want teruggekeerd in 's-Hertogenbosch ontving hij een bedrag van 300 gulden uit dankbaarheid voor bewezen diensten.

Jan van der Weeghen is vooral bekend geworden door zijn ontwerp van het Kruithuis. De plattegrond van dit gebouw, dat ontworpen werd om het kruit beter te bewaren was een gelijkmatige zeshoek.

Het gebouw met zijn gevaarlijke inhoud zou zover mogelijk van het stadscentrum worden gebouwd; vlak bij de stadsmuur. Ook op andere wijzen had men ervoor gezorgd dat bij een eventuele ontploffing van het kruit de stad en haar inwoners zo veilig mogelijk bleven. De buitenmuren (zonder de ramen) waren één meter dik. Als er een ontploffing plaats zou vinden, zou de kracht hiervan niet op de stad richten, maar op de drie zwakke plekken van het gebouw: de toegangspoort (van de stad afgekeerd), het binnenplein (met dunnere muren dan de buitenmuur) en het dak. Dus in ieder geval van de stad af.

Gelukkig is het Kruithuis nooit ontploft. Het monument bestaat nog steeds en biedt momenteel huisvesting aan meer vredelievende activiteiten. Recht tegenover het Kruithuis, aan de noordelijke oever van de rivier de Aa werd in 1921 de daar aangelegde straat in de Muntel genoemd naar de ontwerper van dit gebouw, de Van Weeghensingel.