In zijn nieuwe diocees was Sonnius niet welkom. De nieuwe bisschop moest immers een bepaald inkomen hebben. Dat zou ten koste gaan van anderen. De bisschop van Luik was tegen: het nieuwe bisdom werd gerealiseerd ten koste van zijn grondgebied. Het Sint-Janskapittel zag door de komst van de bisschop zijn inkomsten achteruitgaan en weigerde hem de toegang tot de kathedraal, de Sint-Jan. Toen Sonnius de besluiten van het Concilie van Trente voor moest lezen, kon hij geen gebruik maken van de Sint-Jan en moest hij uitwijken naar de kapel van de Minderbroeders.

In november 1562 deed Sonnius daadwerkelijk zijn intrede; in 1565 maakte hij voor het eerst een reis door zijn gehele bisdom. Een jaar later moest hij vanwege de beeldenstorm zijn bisschopsstad opnieuw verlaten wegens de onrustige toestand.

Sonnius is de man van de katholieke reformatie, de reactie op de hervormingen van Luther en Calvijn. Ter versterking hiervan oordeelde hij het nuttig dat de stad verdeeld zou worden in vier parochies. Het stadsbestuur ging ermee akkoord. Dat moest wel, omdat bepaald was dat degene die in de Sint-Jan gedoopt werd tegelijkertijd Bosch' poorter was. Dit voorrecht zou voortaan ook gelden voor de gedoopten in de andere parochies, de St.-Pieter, de St.-Catharina en de St.-Jacob. Tegelijkertijd werd ook de parochie Den Dungen opgericht.

Lang heeft Sonnius zijn reformatieplannen niet door kunnen voeren. In maart 1570 werd hij benoemd tot bisschop van Antwerpen. In 1576 overleed hij in deze Brabantse havenstad.

De houding van de Bosschenaren tot hun eerste bisschop was niet altijd even hartelijk. Onder andere werd hij bespot wegens zijn kleine gestalte. Er raakte een andere versie van het 'Onze Vader' bekend tijdens zijn ambtsperiode. Al spoedig kenden alle inwoners van de stad het van buiten.