Van het begin af aan voor de militaire loopbaan bestemd, werd hij eerst vaandrig en kreeg hij in 1618 een compagnie voetknechten, twee jaar later een compagnie kurassiers onder zijn bevelen. In 1629 vinden wij hem als bevelhebber over een regiment Nederlanders bij de belegering van 's-Hertogenbosch door Frederik Hendrik in het hoofdkwartier bij de Pettelerschans. Na de inneming der stad wordt Van Brederode er gouverneur, een post, dien hij tot zijn dood zou blijven bekleeden. Doch meer in naam dan metterdaad, want in 1633 werd hij kolonel over een regiment voetvolk en 3 juni 1636 tot meester-generaal der artillerie benoemd. Wanneer dan in 1642 graaf Willem van Nassau, de veldmaarschalk, sterft, wordt dit ambt aan Joan Wolfert van Brederode opgedragen, die door zijn huwelijk met Anna gravin van Nassau, de zwager van den overleden veldmaarschalk was. Als ‘veldmaarschalk over het volk van oorloge te peerde ende te voet’ is hij echter door de in 1648 gesloten vrede niet meer in de gelegenheid geweest, zijn land diensten van eenig belang te bewijzen.

Reeds te voren was hij ook voor buitengewone zendingen in diplomatieken dienst gebruikt. In 1640 vormde hij met François van Aerssen, heer van Sommelsdijk, Joan van der Kerkhoven (Polyander), heer van Heenvliet, en den gewonen gezant der Staten, Albert Joachimi, het gezantschap, dat 1 januari 1641 naar Engeland scheep ging om de hand van prinses Mary voor den lateren Willem II te vragen en de huwelijksche voorwaarden op te stellen. In het volgend voorjaar de bruid in Rotterdam af te halen, was hem echter door ziekte niet vergund.

De uiterlijk goede verstandhouding met het huis van Oranje, die uit het voorgaande gebleken is, was voor Brederode echter geen beletsel om in 1654 als eerste zijn stem uit te brengen voor de Acte van Seclusie, waartoe hij als eerste edele en bijgevolg lid van de Staten van Holland de bevoegdheid had. Volgens sommigen deed hij dit om zijn ambt niet te verliezen, volgens anderen, omdat zijn financieele positie hem niet veroorloofde in de oppositie te gaan. Ten slotte kan men gissen, dat

Nadat zijn eerste vrouw, de genoemde Anna, gravin van Nassau, in 1633 1636 gestorven was, hem 5 dochters achterlatende van de 10, die zij hem gebaard had, was hij hertrouwd met Louise Christina van Solms, door welk huwelijk hij dus tot zwager van Frederik Hendrik en bijgevolg oud-oom van Willem III werd, waardoor hem zijn bovengenoemd stemmen voor de Acte van Seclusie nog te kwalijker genomen en zelfs als een soort verraad aangewreven werd. Louise heeft 8 kinderen bij hem gekregen, 5 dochters en 3 zoons, waarvan de reeds genoemde Wolfert, de oudste in 1679 ongehuwd stierf.

Er bestaat een portret van Brederode door Pieter Soutman naar G. van Honthorst, een van C. van de Passe en een zonder naam in 4º; voorts een schilderij door een onbekend kunstenaar in het bezit van den prins van Solms-Braunfels op het slot Braunfels bij Wetzlar.