De Bethelgemeente is genoemd naar het gebouw waarin de kerkdiensten plaatsvinden. Dit gebouw werd in 1908 gesticht door de Vereniging tot Evangelisatie in en ten bate van de Nederlandse Hervormde Kerk binnen de classis 's-Hertogenbosch. De Evangelisatie was opgericht in het eerste decennium van deze eeuw vanwege de vrijzinnigheid in deze classis.

Na de tweede wereldoorlog is de Vereniging niet meer tot leven gekomen o.a. vanwege de acties Kerkopbouw en Kerkherstel die in de eerste jaren na de oorlog gevoerd zijn binnen de Hervormde Kerk. Het bestuur van de Evangelisatie was er nog wel en bestond grotendeels uit personen van Hervormd Gereformeerde signatuur. Op 7 mei 1980 is de laatste vergadering van de Evangelisatie gehouden. De Evangelisatie is toen ontbonden en het gebouw Bethel is overgedragen aan de Afdeling 's-Hertogenbosch van de Gereformeerde Bond.

Voor het ontstaan van de huidige Bethelgemeente moeten we terug naar het jaar 1955. Toen ontmoetten enkele mensen elkaar die behoorden tot wat genoemd wordt de Gereformeerde Gezindte. Uit dit contact vloeide de wens voort om weekbijeenkomsten te beleggen waar iemand zou worden uitgenodigd om een inleiding te houden over een Bijbels onderwerp, kerkgeschiedenis etc. Dit ging gebeuren in gebouw Bethel en kennelijk voldeden deze bijeenkomsten aan een behoefte. De belangstelling groeide en de wens werd te kennen gegeven om woensdagsavonds kerkdiensten te gaan beleggen. Aangezien er in die periode geen medewerking van de centrale Hervormde Gemeente was, zijn er in het gebouw Bethel evangelisatiediensten ontstaan. Eerst als avonddiensten en vanaf 1961 ook morgendiensten. Ondertussen was op aanraden van de P.K.V. te Eindhoven een plaatselijke afdeling van de Gereformeerde Bond opgericht. Deze diende als gesprekspartner met de plaatselijke Hervormde Gemeente.

In 1967 is er een Overeenkomst met de Hervormde Gemeente gesloten waarin de rechten en de plichten van de Bethelgemeente werden vastgelegd. Zij werd toen erkend als zijnde een deel van de plaatselijke gemeente met Woordverkondiging, sacramentsbediening en ander werk dat behoort bij een levende "wijkgemeente" zonder geografische grenzen. De kerkenraad benoemt de ambtsdragers en een predikant met bijzondere opdracht op voordracht van het bestuur van de Afdeling van de Gereformeerde Bond.

Bij de vorming van de PKN op 1 mei 2004 is de Bethelgemeente (als onderdeel van de Hervormde Gemeente) met de Hervormde Gemeente, de Gereformeerde Kerk en de Evangelisch - Lutherse Gemeente opgegaan in de Protestantse Gemeente 's-Hertogenbosch i.w. (de PGH). Hiervoor is op 29 April 2004 een nieuwe overeenkomst getekend tussen de Afdeling 's-Hertogenbosch van de Gereformeerde Bond en de Hervormde Gemeente. De nieuwe naam van de gemeente is: Bethelgemeente op hervormd-gereformeerde grondslag.

Op 18 maart 1974 is in gebouw 'Bethel' van de Hervormde Gemeente in 's Hertogenbosch een nieuw orgel in gebruik genomen, gebouwd door K.B. Blank & Zoon.