Bij het onderzoek vóór de restauratie is het volgende gebleken.¹³³ In de oostelijke twee traveeën vertoonden de gewelven onder de beschildering van 1840 ernstige schade: van een oudere laag is door verpulvering en verzanding in de meest oostelijke travee niets, in de volgende weinig meer herkenbaar. Verder westwaarts daarentegen, in de derde en vierde travee, is de oudste laag, zij het geschonden, bewaard gebleven. Daarop is een tweede beschildering aanwezig waarvan de plantaardige ranken rekening houden met de figuratie van de eerste, oudste laag. Deze beschildering kan dus als een herstel van de oudste beschouwd worden. Pas daaroverheen bevindt zich de schildering van 1840 door J.C. Dickmans. De vijfde en zesde travee bewaarden geen oud werk meer, maar een gelijkmatige stuclaag uit recente tijd, wellicht ook uit 1840 en als directe ondergrond voor Dickmans' ornamentatie. Of het meest westelijke schipgewelf, waarvan in 1966 de schilderingen deels hersteld (sluitsteen en ribben), deels verwijderd werden (de velden), ook brand- of althans verzengingsschade toonde, is niet bekend, niet gedocumenteerd. Zeer waarschijnlijk zijn deze beschadigingen, evenals die in het zuidtransept, het gevolg van de brand van de middentoren 's avonds laat op 25 juli 1584. Het schipgewelf is als constructie bij de brand geheel overeind gebleven en het lijkt erop, dat verzengende hitte van onder af de verzanding van de kalk- en schilderlagen heeft teweeggebracht. Hoe die torenbrand, die drie uur duurde, precies verliep, is niet in details bekend. Wij weten verder slechts, dat hij het oxaal en triomfkruis, de spits van de westtoren, de torenklokken en het westelijk orgel verwoestte. Omdat de preekstoel de brand overleefd heeft (hij wordt algemeen niet later dan tussen 1540 en 1567 gedateerd), moet men aannemen, dat er twee gescheiden vuurhaarden in de kerk waren, de eerste in de viering en een latere in en bij de westtoren. Daarop wijst ook, dat de basementen van de westelijke vieringpijlers en van een der beide westelijkste schippijlers door brand aan hun oppervlak verkalkt waren, waarvan de sporen vóór de restauratie aan het begin van deze eeuw te zien waren.¹³⁴

De brand schijnt dus door een vonkenregen over het schip heen van de midden- naar de westtoren geslagen en zo bij het orgel terechtgekomen te zijn. Het vuur ging echter niet door de houten kapconstructie van het schip heen, want ten eerste is haar vorm duidelijk uit de eerste helft van de 16de eeuw, te preciseren tot 1516-1517, ten tweede toont het baksteenmetselwerk van de onderbouw van de middentoren geen brandschade en ten derde wordt na 1584 alleen over dakherstel gesproken; de bedaking zal door neerstromend gloeiend lood van de middentorenbekroning brandschade in het platte vlak geleden hebben. De nieuwe leidekking van het schip vond in 1594 plaats en de al gesignaleerde tweede, als aanvulling van de beschadigde eerste bedoelde gewelfbeschildering in het middenschip, mag gevoegelijk als in of kort na dat jaar tot stand gekomen beschouwd worden, immers, wanneer de kap weer waterdicht gedekt is, en dat is in 1594 het geval, kan de beschildering zonder gevaar voor inwatering hersteld of vernieuwd worden. Toch is blijkbaar de ondergrond voor het herstel niet soliede genoeg geweest en heeft Dickmans in 1840 alleen in de middelste traveeën van het schip nog enig gaaf oud en gaaf hersteld werk aangetroffen, voordat hij dit gehele bouwdeel met een nieuw decor naar eigen ontwerp uitrustte, met een patroon dat slechts in beginsel en vrijelijk het oude bloemenen rankenwerk navolgde met weglaten van de menselijke en dierlijke figuratie. De bloemen waren distelbloei en distelbloem in gele oker, omber, karmijnrood, ultramarijn, de ranken donkergroen, alles met zwarte contouren, compositorisch vanuit de sluitstenen ontspringend en als het ware onder de gordelbogen door vervlochten, met het meeste wit uitgespaard in de gewelfschilden tegen de vensters. Een banderol op het meest oostelijke gewelfveld, bij de viering, dateerde het werk 1840. In de meest westelijke travee, die in 1966 van ornament ontdaan was, werd bij de

De sfeer van deze oudste decoratie suggereert iets van paradijselijke onschuld, ongevaarlijke jachtscenes en spelende putti zoals zij al de achtergrond vormen van de tapisserieën ‘La dame à la licorne’ in het Musée de Cluny te Parijs, maar hier op de gewelven in versimpelde, verwaterde vorm. Grote symbolische diepgang lijken zij niet te hebben, al kan men het speelgoedmolentje van de twee putti meer dan decoratieve waarde toekennen. Een molentje in het spel van kinderen en engeltjes duidt op onschuldige dwaasheid, onnozelheid, zoals in een houtsnede van de al genoemde Israhel van Meckenem, voorstellende het Jezuskindeke en Sint Janneke tussen engelen, of bij de twee putti op de koorbanken van de Grote Kerk te Dordrecht; ook of tevens duidt het op de fragiliteit van het menselijk bestaan, maar ook op het Eucharistisch brood door middel van een toespeling op de korenmolen.¹³⁵

In Den Bosch zelf is het molentje meerdere malen geschilderd, het komt namelijk op diverse schilderijen van Jeroen Bosch voor.¹³⁶ In zijn schilderij ‘De Goochelaar’ (spoorloos verdwenen uit het Musée Municipal te Saint-Germain-en-Laye), uit zijn vroege tijd, draagt een toekijkend kind rechts een molentje.

Op het rechterluik van de triptiek ‘De Bekoring van Antonius’ in Lissabon, tussen 1490 en 1500 ontstaan, komt een kind voor in een loophek op wielen, waarmee op soortgelijke manier de onnozelheid is uitgebeeld; het komt ook voor in het Breviarium Grimani, waar het kind bovendien met een molentje is uitgerust. Het loophek op wielen heeft, zoals gezegd, ook zijn plaats aan de Sint Jan, namelijk in de sculptuur van de zuidportiek. Op de achterkant van het rechterluik van het schilderij in Lissabon slaat een groepje van drie zittende kinderen de kruisdraging gade, een van hen draagt een molentje. Op de achterkant van ‘De Kruisdraging’ van Bosch te Wenen komt een bloot knaapje voor met loopdriepoot en molentje: is het de onschuldige Jezus of een beeld van onbegrip voor zijn lijden?¹³⁷ Nogmaals: de bewaard gebleven fragmenten van de oudste gewelfbeschilderingen zijn te gering om conclusies toe te laten over de compositie en de betekenis van het oorspronkelijke geheel, een zuiver decoratief en luchthartig karakter ligt het meest voor de hand. Wel herkenbaar bewaard gebleven en goed herstelbaar gebleken is de architectonische beschildering van de ribben, schild- en gordelbogen; zij zijn in Engels rood uitgevoerd zoals in de tweede fase van de koorbeschildering. Ook hier begint het rood heel abrupt op de schalkenbundels, ongeveer 1,50 m onder de geboorte van het gewelf. In de vierde travee is kort onder de gewelfaanzet een manchet in oranje-wit-blauw van 12 cm geschilderd, afgezet met grijze contouren, een manchet die vreemd genoeg alleen in deze travee aanwezig is. Zo is ook slechts eenmaal in rood onder het begin van de rode schalkenbeschildering een soort kapiteel aanwezig. Hogerop, direct bij het uitbuigen van de schalken tot ribben en gordelbogen zijn wel overal manchetten aanwezig en bovendien drie in elk der schildbogen: de samenstelling van hun kleuren was bij het terugvinden niet duidelijk meer en men heeft ze bij de restauratie niet geretoucheerd, doch in een soort schemertoestand gelaten. Wel heel markante manchetten zijn gevonden rond de sluitstenen en in de top van de gordelbogen. Daarbij is de kleurzetting vanuit de sluitstenen in de drie oostelijke traveeën rood-wit-blauw en in de overige vier naar het westen toe rood-blauw-wit, de kleuren door zwarte contouren onderling begrensd. Een blauwe bies versiert het middelste

Al het overige van het opgaand werk, ook de muraalbogen, de schalken, de bundelpijlers, de triforiumtraceringen, de zwiktraceringen van de scheibogen, zijn vanouds blank gepleisterd, gebroken wit tot ivoorkleurig, helderwit wat echt vlak is, zoals de achterwand van de triforiumgang. Kleur heeft alleen het gebeeldhouwde blad-, bloem- en vruchtornament in de helderwit gepleisterde hollijsten onder en boven het triforium. Niet overal is dat ornament hetzelfde: er zijn bruine stokken met groene bladeren en paarsblauwe druiventrossen, losse bladmotieven in rood, wit en blauw te zamen op één blad, rode bloemen met donkerblauw hart, bruine ranken met groene bladeren en blauwe hopbellen, bruine takken met bruin-met-groene eikels en verder nog veel bladgroen en takken bruin. De volksdrank bier (uit hop) en de kanunnikendrank wijn lijken beide vertegenwoordigd. Tenslotte de pijlervoeten en altaaraanzetten. Deze zijn thans in een vrij bedachte leverkleur geschilderd, nadat zij een tijd het schoongebikte steenwerk vertoonden. Vóórdien waren zij met zwarte olieverf beschilderd en nog eerder hadden zij in verschillende perioden verschillende verfbehandelingen ondergaan; de oudste beschildering was in grijze kalk uitgevoerd, met houtskool donker gemaakt. Dat is dus de kleur die men zich moet voorstellen als op de pijlervoet aanwezig tegelijk met het eerste Engels rood op de gewelfribben en -bogen.

In een tweede fase zijn die ribben en bogen opnieuw rood geschilderd, terwijl het overige kleurensysteem witgekalkt werd. Dat is waarschijnlijk in de vroege 17de eeuw al gebeurd. Nog later is daarop een stuclaag aangebracht en werd de dominerende kleur voor de ribben en bogen eerst lichtgeel, dan okergeel. Dat is de geleidelijk donker wordende toon die men het interieur van de 18de eeuw (vanaf 1737?) tot tegen 1880 in onderhoudsbeurten door gecontracteerde schilders bewust heeft gegeven, pas daarna ontstond de situatie van conflict tussen het enerzijds schoonbikken van de steen en het anderzijds door kaarsenwalm vervuilen van de overgebleven verflagen.

Okergeel moet ook de kleur geweest zijn, die in de middentoren domineerde als laatst aanwezige beschildering vóór de ontpleistering in 1906.