1. Pré-stedelijke ontwikkeling

Ongeveer 3500 jaar geleden werd de invloed van de zeespiegelstijging, zoals gezegd, ook merkbaar in het beneden Dommel/Aadal. De (grond)waterstanden stegen ook hier geleidelijk naar een hoger niveau. Deze verhoging had een grote invloed op de verdere hydrologische ontwikkelingen in dit dal. Met name in het winterhalfjaar vormden zich, voornamelijk in de lager gelegen dekzandgebieden, kleine afvoerstromen. De hoofdstroom van de Dommel, via de huidige Groote Stroom, was echter gedurende het gehele jaar werkzaam. Vanwege de grote omweg van deze hoofdstroom in oostelijke richting volgden de kleinere stromen een kortere afstroomweg in noord-westelijke richting naar de uitstroom in de rivier de Maas. Op deze wijze is o.a. de Vughterstroom ontstaan. De Vughterstroom passeerde de noordelijke dekzandrug westelijk van de huidige St. Jansstraat en op een hoger gelegen bodemniveau dan dat van de hoofdstroom van de Dommel nabij het Hinthamereinde.
In de eerste eeuwen van onze jaartelling waren de waterstanden in het beneden Dommel/Aadal reeds zover gestegen dat gedurende het gehele jaar ook de kleinere afvoerstromen werkzaam waren. Aangenomen mag worden dat het deltagebied van de Dommel en de Aa zoals we dat nu kennen of gekend hebben reeds vanaf deze tijd bestaat. De Vughterstroom begon als een zijstroom van de Dommel met een aftakking ongeveer ter hoogte van het voormalige fort St. Anthoni en stroomde in noord-westelijke richting naar een uitstroompunt in de Dieze vermoedelijk nabij Engelen.

2. Geografische omschrijving

De huidige Vughterstroom neemt een aanvang ± 18.00 m ten zuiden van de overkluizing van het perceel Vughterstraat 106. Via het stroomgedeelte door de Uilenburg heeft de uitstroom plaats in de Smalle Haven onder de overbrugging van de Visstraat.
De totale lengte is 487 meter, te onderscheiden in:

Open stroomgedeelten	249.50 m
Overdekte stroomgedeelten	0.00 m
Overbruggingen	43.50 m
Overkluizingen	167.50 m
Bruggen	26.50 m

3. Fysisch geografische kenmerken

Evenals bij de Groote Stroom waren de fysisch geografische kenmerken met betrekking tot de hogere- en lagere terreingedeelten langs de Vughterstroom nog geheel aanwezig tijdens de stichting van 's-Hertogen­bosch in 1185. De rechteroevergedeelten bestonden, met name ter plaatse van de noordelijke dekzandrug nabij de huidige Korenbrugstraat en de St. Jansstraat, uit hoger gelegen dekzandgebieden. Aan de linker oever waren voornamelijk de lager gelegen dekzandgebieden gesitueerd.
Door de voortgaande sedimentatie in het deltagebied waren de oorspronkelijke hoogteverschillen tussen de maaiveldhoogten langs de Groote Stroom en de Vughterstroom geleidelijk aan verdwenen. Dit is ook, zij het in mindere mate, van toepassing op de bodemhoogten van deze twee stromen. Tussen de hoger gelegen bodem van de Vughterstroom ten opzichte van die van de Groote Stroom is altijd een klein bodemhoogteverschil blijven bestaan. De oorzaak hiervan is vermoedelijk gelegen in het gegeven dat in tijden van geringere afvoer in de Groote Stroom nog voldoende stroomsnelheid aanwezig was om sedimentatie tegen te gaan. In het algemeen is dit een natuurlijk proces in een deltagebied waarbij de hoofdstroom zich zelf min of meer in stand houdt.
Tijdens de stichting van de stad stroomde de Vughterstroom nog westelijk van de huidige ligging van de Uilenburgstroom. Het stroomdal van de Vughterstroom heeft hier vermoedelijk gelegen tussen de huidige Stadsdommel en het hoofdspoorstation van de N.S. Ongeveer ter plaatse van dit station was oorspronkelijk de hoger gelegen Koeidonk gesitueerd.

1. Vestigingscondities en bouwlocaties

Na de aanleg van de eerste ommuring in het begin van de 13e eeuw oefende de ommuurde stad een grote aantrekkingskracht uit op nieuwe bewoners. Bouwen en wonen in de directe nabijheid van een ommuurde stad had immers het grote voordeel dat in tijden van gevaar men zich tijdelijk kon terugtrekken binnen de vesting. Voor het bouwen binnen de ommuring was echter reeds in de eerste helft van de 13e eeuw nagenoeg geen plaats meer.
In eerste instantie had een sterke uitbreiding plaats van bebouwingen op de hoger gelegen terreingedeelten buiten de vestingmuren. Met name in het gebied nabij de huidige Postelstraat en de Korenbrugstraat was dit het geval. Ophoging van het bestaande terrein bleven voorlopig nog tot een minimum beperkt. Door de sterke bevolkingstoename gedurende de 14e eeuw was het totale oppervlak van de hoger gelegen terreinen niet meer voldoende voor opvang van de nieuwe bewoners. Stelselmatig werden ook de lager gelegen terreinen, o.a. gelegen langs de west-zijde van de Vughterstroom, door omvangrijke ophogingen van zand en stadsvuil geschikt gemaakt voor bewoning. De steeds terugkerende hoge waterstanden waren hierbij eveneens een belangrijke drijfveer.
Omstreeks het midden van de 13e eeuw ontstond de noodzaak tot het verplaatsen van de vermoedelijke los- en laadplaats (met vismarkt) nabij de Tolbrug naar een situering buiten de stadsmuren. Als meest gunstige situatie kwam het reeds eerder genoemde hoger gelegen gebied buiten de vermoedelijke poort aan het einde van het huidige Eerste Korenbrugstraatje naar voren voor een nieuwe vestiging. Het gemis aan goed vaarwater werd in dit gebied met nieuwe bebouwingen overigens sterk gevoeld.

2. Het graven van waterlopen

Voor de nieuwe los- en laadplaats en de verdere economische ontwikkeling van dit gebied was een goede ligging aan bereikbaar vaarwater een absolute voorwaarde. Met name in relatie met de hoofdstroom van de Dommel en de rivier de Maas was dit van groot belang. Gezien de geringe omvang van de Vughterstroom voldeed deze afvoerstroom niet aan de gestelde eisen. Ter oplossing van deze problematiek werden ten noorden van de vesting de twee natuurlijke stromen, de Groote Stroom en de Vughterstroom, met elkaar verbonden door middel van een doorgraving van de dekzandrug waarop de Orthenstraat is gelegen. Deze doorgraving was gesitueerd onder en aan weerszijden van de huidige Zevensteensebrug in de Orthenstraat. In aansluiting hierop werd de westelijke vestinggracht ter hoogte van de Orthenstraat verbreed en gedeeltelijk verlegd. Dit is de huidige Smalle Haven.
In het verlengde hiervan werd voorts een nieuw havengedeelte gegraven, met los- en laadplaats en vismarkt, nabij het hoger gelegen terreingedeelte waarop nu de Korenbrugstraat is gesitueerd. Deze vismarkt wordt reeds in 1296 in de schriftelijke bronnen vermeld. Ter plaatse van de huidige Lepelstraat werd voor de kerende schepen een zwaaikom aangelegd. De uitbuiging van de Lepelstraat in westelijke richting is hiervan nog een overblijfsel.
Enige tijd na de aanleg van deze haven werd de waterloop in zuidelijke richting doorgetrokken en tussen het huidige Lamstraatje en de huidige Capucijnenpoort aangesloten op de natuurlijke loop van de Vughterstroom. Deze nieuwe waterloop ten zuiden en ten noorden van de huidige Korenbrugstraat vormt nu de Uilenburgstroom. Het graven van dit nieuwe vaargedeelte maakte de bouw van de Korenbrug noodzakelijk. Deze Korenbrug wordt reeds in 1284 in de geschreven bronnen vermeld. Deze brug vormde een onderdeel van de landverbinding over de noordelijke dekzandrug met Deuteren en de Langstraat. Gezien deze vroege vermeldingen van de Korenbrug en de Vismarkt mag worden aangenomen dat de doorgraving aan weerszijden van de huidige Zevensteense brug en de aanleg van de nieuwe haven mogelijk reeds tussen 1250 en 1275 heeft plaats gehad.
Tijdens de 2e stadsuitbreiding gedurende de 14e eeuw werd de Vughterstroom opgenomen binnen de nieuwe vestingmuren. Aan de zuidzijde, ter plaatse van de huidige Kuipertjeswal, werd een waterinlaatpoort gebouwd. Aan de noord-westzijde, ter plaatse van de restanten van de waterpoort Aan de Boom, werd een wateruitlaatpoort voor de Vughterstroom aangelegd. Deze wateruitlaatpoort is de voorloper van de waterpoort Aan de Boom. Aangezien voor de scheepvaart van en naar de Maas reeds eerder genoemde verbinding tussen twee natuurlijke stromen, de Groote Stroom en de Vughterstroom, was aangelegd waren bij de aanleg van deze wateruitlaatpoort geen voorzieningen voor de scheepvaart noodzakelijk.
Tegen het midden van de 15e eeuw ondervond deze scheepvaart van en naar de Maas grote hinder van het dichtslibben van het Zwarte Water, gelegen nabij Orthen, zijnde de voortzetting van de Groote Stroom. Het stadsbestuur nam, ter oplossing van deze problematiek, een voor die tijd omvangrijk plan in uitvoering. Dit plan omvatte de aanleg tussen 1441 en 1449 van een nieuw vaargedeelte ten zuid-westen van het Zwarte Water. Dit nieuwe vaargedeelte, later genoemd De Dieze, volgde grotendeels het tracé van de Vughterstroom buiten de vestingmuren. Tegelijk met deze aanleg werd binnen de vestingmuren de bestaande Vughterstroom ver­breed en plaatselijk verlegd. Hierdoor werd in het verlengde van de bestaande haven een nieuwe haven verkregen, de huidige Brede Haven. Ter plaatse van de kruising met de vestingmuur werd eerdergenoemde waterpoort Aan de Boom gebouwd.