Vóór het graven van de Zuid-Willemsvaart liep het terrein van het Antoniusgesticht (in 1899 gelegen tussen Hinthamerstraat, Schilderstraat en Zuid-Willemsvaart) dóór tot aan de Hofstad en de stadswal, zo verklaarden B en W. Waar zich op het einde van de vorige eeuw de capsulefabriek van Lewin bevond stond eertijds een koffiehuis met tuin van de weduwe Van Thuil; dit voormalige koffiehuis was - zei het college - eertijds een soort achterhuis, oranjerie, tuinhuis of iets dergelijks van het zeventiende-eeuwse refugiehuis van de abdij van Berne.

Om deze historische naam van het refugiehuis aan de straat te verbinden stelde het College voor om deze straat de naam Bernestraat te geven.

De historicus en gemeenteraadslid jhr. mr. A.F.O. van Sasse van Ysselt kon zich niet met het voorstel verenigen. Immers het refugiehuis was er slechts zeer kort geweest (zes jaar) en bovendien was de grond voor die tijd eigendom van de Broeders van het Gemene leven. De naam Broederstraat of Enkevoortstraat (naar de kardinaal die bij deze Broeders zijn opleiding kreeg) zou beter passen bij de nieuwe straat.

Het leidde tot een stemming: met 11 vóór en 5 tégen werd het voorstel aangenomen en kreeg 's-Hertogenbosch haar Bernestraat.

Vanaf circa 1500 kent 's-Hertogenbosch haar refugiehuizen. Zeer bekende zijn die van St. Geertrui aan de Spinhuiswal (thans Artistieke Schuit) en die van Mariënhage (de voormalige pastorie van St. Pieter; thans wachtend op een restauratie). Maar er waren er méér. Zo bezat de Abdij van Berne eveneens een refugiehuis.

Ongeveer in 1502 stond dit refugiehuis in de straat Achter het stadhuis. In 1506 werd een pand aangekocht in de St. Jorisstraat. Deze refugiehuizen waren bestemd om kloosterlingen onderdak te bezorgen in de veilig geachte stad tijdens de Gelderse oorlogen, toen Maarten van Rossum rondtrok door het Brabantse land.

Ook later, tijdens de Opstand, de Tachtigjarige Oorlog, waren zij van belang. Sedert de vernieling van het kloosterkompleks te Berne werd het bijzonder druk in het Bossche refugiehuis. Reden voor abt Joannes Moors om uit te kijken naar een betere, grotere behuizing. Deze vond hij in de gebouwen van de Broeders van het Gemene Leven aan de Hinthamerstraat/Schilderstraat. In deze ruimere panden zouden de broeders zich beter aan hun kloosterleven kunnen wijden. In 1623 vond deze verhuizing plaats. Officieel goedgekeurd en bekrachtigd werd zij echter pas in 1626.

Maar slechts drie jaar later werd 's-Hertogenbosch veroverd door Frederik Hendrik. Eén van de ondertekenaars aan Bossche zijde (de tweede, ná bisschop Ophovius) was Joannes Moors, de abt van Berne. Dat betekent dat hij een belangrijk man in de stad was geworden.

Na deze capitulatie werd er beslag op de kloostergebouwen gelegd door de Staten van Holland en West-Friesland (omdat Berne onder het Land van Heusden viel; dat lag in Holland). Kort daarop vertrokken de broeders uit 's-Hertogenbosch en trokken naar Heeswijk, waar zich thans nog steeds de Abdij van Berne bevindt. Aan de periode van 6 jaar (1623-1629) dat de kloosterlingen van de Abdij van Berne het Gregoriushuis bewoonden, daaraan dankt de Bernestraat haar naam.